Самолёт создавался на базе американского истребителя F-16 по программе FS-X, в которой Япония и США были представлены в соотношении 60/40. Разработка самолёта началась 21 октября 1987 года, когда правительство Японии выбрало F-16C для замены стоящих на вооружении истребителей Мицубиси F-1. В ноябре 1988 года генеральным подрядчиком стала компания Мицубиси, подписав в марте 1989 года контракт на разработку планера самолёта и в феврале 1990 года на разработку бортовой РЛС. Также в феврале был подписан контракт с субподрядчиком — американской компанией Дженерал Дайнемикс (после 1993 года Локхид).